Вторник, Септември 17, 2019

Изследователи от Центъра за ракови заболявания Johns Hopkins Kimmel са разработили нов кръвен тест, който може да открие наличието на седем различни вида рак чрез откриване на уникални модели на фрагментация на ДНК, отделяна от ракови клетки и циркулираща в кръвния поток.

В  доказателство на концепцията, тестът, наречен DELFI (ДНК оценка на фрагменти за ранно прихващане), точно установи наличието на ракова ДНК в от 57% до повече от 99% от кръвни проби от 208 пациенти с различни стадии на рак на гърдата,  рак на дебелото черво, на яйчниците, на панкреаса, на стомаха или на жлъчните пътища в САЩ, Дания и Холандия.

delfi

DELFI също се представи добре при тестовете на кръвни проби от 215 здрави индивида, фалшиво идентифицирайки рак само в четири случая.
Тестът използва изкуствен  интелект, за да идентифицира анормални модели на ДНК фрагменти в кръвта на пациенти с рак. Изследвайки тези модели, изследователите заявиха,че могат да идентифицират произхода на раковата тъкан  в до 75% от случаите.

Кръвните изследвания, или така наречените "течни биопсии" за откриване на рак, обикновено търсят мутации, които са промени в ДНК последователността в раковата клетка, или за метилиране - химическа реакция, при която метилова група се добавя към ДНК, казва главният автор на изследването Виктор Е. Велкулеску, доктор по медицина, професор по онкология и директор на Центъра за ракови заболявания на Johns Hopkins Kimmel.

Но не всички пациенти с рак имат промени, които могат да бъдат открити с помощта на тези методи и има голяма нужда от подобрени методи за ранно откриване на рак

DELFI, казва той, използва различен подход, изучавайки начина, по който ДНК се складира в ядрото на клетката, като търси в кръвта размера и количеството на ДНК в различни региони на генома за следи от тази натрупвания.

Ядрата на здравите клетки натрупват ДНК , като различни региони на генома се подреждат внимателно в различни отделения на ядрото.
От друга страна, ядрата на раковите клетки, са много по-дезорганизирани, с елементи от целия геном, разхвърляни на случаен принцип

"По различни причини, раковият геном е дезорганизиран по начина, по който е складиран, което означава, че когато раковите клетки умират, те освобождават своята ДНК по хаотичен начин в кръвообращението"
"Чрез изследване на свободно циркулиращото ДНК (cfDNA), DELFI помага да се идентифицира наличието на рак чрез откриване на аномалии в размера и количеството на ДНК в различни региони на генома, въз основа на начина на натрупване."

Изследователите предупреждават, че потенциалът на теста трябва да бъде допълнително валидиран в още проучвания, но ако това се случи, може да се използва за скрининг на рак чрез вземане на кръв от индивид, извличане на cfDNA, проучване на неговите генетични последователности и определяне на профила на фрагментация на cfDNA. Моделът на фрагментиране на целия геном от индивид може да бъде сравнен с референтните популации, за да се определи дали моделът е здрав или е получен от рак.

Робърт Шарпф, старши автор на изследването и доцент по онкология, казва, че тъй като моделите на фрагментация на целия геном могат да разкрият различия, свързани със специфични тъкани, тези модели, когато се установи, че са получени от рак , може също да посочат източника на рака - от гърдата, дебелото черво или белия дроб.

DELFI анализира едновременно милиони секвенции от стотици до хиляди региони в генома, идентифицирайки тумор-специфични аномалии от малки количества на cfDNA, казва Скарпф
.
Използвайки DELFI, изследователите открили, че профилите на фрагментация на cfDNA на цялата геномност са различни при пациенти с рак и здрави индивиди.
При пациенти с рак, моделите на фрагментация в cfDNA изглежда са резултат от смесено ДНК, освободени от кръвните и туморни клетки, и показват множество различни геномни разлики с увеличения и намалявания на размерите на фрагментите при различни региони.

За настоящото изследване, изследователите на Джон Хопкинс са работили с колеги от институции в САЩ, Дания и Холандия за извършване на секвениране на геном с нисък обхват на cfDNA от 208 пациенти с рак, включително 54 пациенти с рак на гърдата, 27 пациенти с рак на дебелото черво и 12 пациенти с рак на белия дроб, 28 пациенти с рак на яйчниците, 34 пациенти с рак на панкреаса, 27 пациенти с рак на стомаха и 26 пациенти с рак на жлъчните пътища. П ровеждат и цялото геномно секвениране, за да анализират cfDNA от 215 здрави индивида.

Всички проби от ракови пациенти са получени преди лечение, а по-голямата част от пробите (183) са от хора, чието заболяване може да бъде лекувано с хирургично отстраняване на туморите.delfi2

Като цяло, според изследователите, здравите индивиди са имали сходни профили на фрагментация, докато пациентите с рак са имали по-променливи профили на фрагментация, които е по-малко вероятно да съответстват на здравите профили.

DELFI откри рак в 73% от пациентите с рак,  докато погрешно класифицира 4 от 215 здрави индивида (98% специфичност).

Установено е, че тестът е 61% -75% точен за идентифициране на тъканта на произход на cfDNA.
Когато DELFI и мутационните базирани cfDNA анализи се комбинират, изследователите могат точно да открият 91% от раковите пациенти.
Учените са в процес на разширяване на анализите си, за да изследват представянето на DELFI в хиляди проби
. „Окуражени сме за потенциала на DELFI, защото той разглежда напълно независим набор от безклетъчни ДНК характеристики от тези, които са създавали трудности през годините, и с нетърпение очакваме да работим с нашите сътрудници по целия свят, за да направим този тест достъпен за пациенти ”, казва Велеклеску.

Тъй като тестът е лесен за администриране и се използват прости и евтини лабораторни методи, Велеклеску очаква, че тестът може да бъде по-рентабилен от други скринингови тестове, включително други текущи тестове за cfDNA.

Източник: MedicalXpress

Нашият сайт се издържа от реклами и дарения. За повече информация, относно тарифите и рекламните формати, свържете се с нас на телефон: 0885 815 108. Ако сте станали свидетел на събитие, което смятате, че трябва да стане обществено достояние, изпратете ни новината на Този имейл адрес е защитен от спам ботове. Трябва да имате пусната JavaScript поддръжка, за да го видите.  Дарения за някоя от нашите каузи, можете да направите от тук. Благодарим за подкрепата!

Въвеждане на коментар... Коментарите ще се опреснят след 00:00.

Бъдете първият коментирал тази статия.

Кажете нещо тук...
Впишете се с ( Регистрация ? )
или изпратете като гост

Log in or Sign up